Para ello deberemos entrar por SSH en nuestro servidor, logueandonos con nuestro usuario y contraseña, seguramente si estamos en un servidor compartido no tengamos acceso, en ese caso creo que lo mejor sera contactar con nuestro proveedor de hosting.
Una vez estemos logeados deberemos teclear en la consola lo siguiente:
mysqlcheck -u root -p --auto-repair --check --optimize --all-databasesCambiando root por nuestro usuario de la BBDD; y la p es para que pida la pass, la cual deberemos teclear en la consola, recuerda que no aparecen ni *(asteriscos) ni nada mientras la escribes, no pierdas el hilo por que no sabras por donde vas, otra opcion es cambiar la -p de por -NuestraPassword aunque no se recomienda, ya que se enviaria sin encriptar, y quedaria legible para personas que pasaran cerca nuestra.
Un saludo y espero os resulte de utilidad