para formatear un numero, con decimales y miles desde PHP tan solo deberemos llamar a la siguiente función
number_format($numero, 2, ",", ".");
en donde $numero es el numero que queremos formatear
2 el numero de decimales que queremos sacar
"," el separador de decimales
"." el separador de miles
Por defecto vienen los valores americanos el "." para separar decimales y la "," para los miles
fuente
http://www.php.net/manual/es/function.number-format.php